Edward Elric
El protagonista de nuestra historia. Tiene un gran conocimiento de la alquimia y aunque parezca frío y calculador, en el fondo tiene un gran corazón, por lo que sus actos siempre van destinados a ayudar a esas personas que más lo necesitan. Por eso partieron él y su hermano Alphonse en un viaje en busca de sus miembros perdidos por el incumplimiento de las reglas de la alquimia, intentar dar vida. Carece de brazo derecho y pierna izquierda y va vestido con una gran gabardina roja. Aprecia más que a nadie a su hermano y está unido a él por algo más que sangre. Tan sólo él es aceptado como Alquimista Nacional, por lo que reside sobre él la búsqueda de información y la responsabilidad de tomar decisiones.
Alphonse Elric
Hermano de Edward, ha compartido con éste toda su vida, convirtiéndose el algo más que hermanos. Cuando de pequeño Alphonse y su hermano intentaron resucitar a su madre, estuvo a punto de morir y sacrificar su cuerpo por la causa de la resurrección, pero Edward actuó rápida e intuitivamente y salvo a su hermano de una muerte segura, sacrificando su brazo y su pierna para poder almacenar el alma de su hermano en una vieja armadura de hierro alojada en la misma habitación. Por este hecho Alphonse siente que le debe su vida a su hermano, por lo que hará lo posible por protegerle de cualquier problema que surja. Al largo de la historia, Al pensará en su destino y en su pasado, temiendo que su vida no tenga sentido, y que su destino fuera morir aquel fatídico día.
Scar
Podríamos denominarle el antagonista principal de la serie. Scar procede de un pueblo religioso, que rechaza por encima de todo el arte de la alquimia, creyendo firmemente que va en contra de la creación de Dios. Scar fue dotado con un poder destructivo que, paradójicamente, procede de la alquimia, aunque él la use para destruirla. Su nombre procede de una gran cicatriz que aparece en su cara a causa de un ataque de un Alquimista Nacional cuando era joven.
Roy Mustang
Uno de los superiores de Edward cuando éste entra en los Alquimistas Nacionales. Su carácter arisco y chuleta hacen enervar a Edward, pero esa competencia se trunca en amistad pura cuando se necesita. Es muy hábil e inteligente y es llamado el Alquimista de la Llama. Posee unos guantes que, al chascar los dedos, condensan el aire de su alrededor y crean una llama dirigida a su objetivo. 
